1911年11月，为响应革命军北伐，云南军政府组建1个师，军务部总长韩建锋任师长，刘存厚为总参，并配属炮兵两个中队，以北伐名义进入四川并控制了自贡地区。

滇军入川后，四川当局一再要求滇军北伐，离开四川，于是蔡锷3月5日下达回师命令。

1912年1月27日，蔡锷任命唐继尧为司令 ，率滇军三千入黔北伐，唐继尧在率军抵达贵阳后，即分头占领各高地和各要害地区，并联合黔军刘显世、胡锦崇所部于1912年3月3日向贵州军政府发动了突然袭击，仅一日之战就完全控制了贵阳局势，随后改组军政府，唐继尧任贵州都督 。

1912年，西藏达赖喇麻利用中央政府更迭之际，在英、印当局支持下，发动叛乱，围攻拉萨、日喀则、江孜的川军。

蔡锷委任参谋厅总长殷承琳为西征军司令官，率援藏滇军于8月19日抵丽江，然后分左、右两个纵队向西藏进军。滇军两战皆捷，10月底，三路滇军直抵瓷水，而后攻占琵水关，滇川边境稳定，入藏滇军于12月10日撤回昆明。

1913年10月，蔡锷调往北京，云南都督一职，蔡锷力荐唐继尧继任，获得袁世凯批准，11月，唐继尧率部回滇任都督，掌握了云南军政大权，控制了全部滇军。

1915年12月25日，唐继尧等联名发出二次通电，宣布云南即日起独立，护国战争爆发。

云南宣布护国起义后，决定蔡锷、罗佩金率第1军入川;李烈钧、何国钧、陈珧率第2军直趋南宁，尔后分师进击湘粤;唐继尧率第3军东出贵州取武汉;李友勋率部经会理、宁远，进取成都，进军福建，浙江的军队取守势，进攻陕西，甘肃的部队相机威胁袁军右侧，然后主力从武汉向北推进。

1917年8月25日至9月1日，孙中山在广州召开了国会非常会议，通过了《中华民国军政府组织大纲》，会议选举孙中山为大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅，建立“中华民国军政府“，进入了“护法时期”。唐继尧拒就元帅之职，把滇军改为“靖国军“，扩编为8个军，将其中4个军开赴四川讨伐刘存厚。

随后滇军在四川战败，北洋军攻占重庆，顾品珍率滇军第1军及耿金锡、李友勋两个旅攻克重庆，北洋军退出四川。

12月4日，滇黔联军进入重庆，向川南进击，于12月14日占领泸州。

12月21日，川军熊克武、但懋辛、石青阳等通电加入靖国联军，推举熊克武为四川靖国各军总司令，并推举唐继尧为“滇川黔靖国联军”总司令。

1918年1月9日，熊克武召集川、滇、黔靖国各军将领在重庆开会，决定兵分三路，直取成都。2月20日，三省联军攻入成都，刘存厚等部退往陕南汉中地区。至此，唐继尧以夺取和控制四川为目标的靖国战争基本结束。唐继尧为了牢固地控制四川，并进一步向陕西、湖北扩张，便以商讨北伐为名，决定于1918年9月在重庆召开川、滇、黔、鄂、豫五省联军会议，并就任“五省联军总司令”职。

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