宋江率领大军势如破竹，迅速包围了杭州城。方腊亲自指挥将士拼死抵抗，寡不敌众，死伤惨重。他见大势已去，无力回天，万般无奈，被迫率军突围，跑到老家青溪帮源洞一带，继续拼命抵抗。结果又被梁山好汉和官兵击败，只好退进洞中，负隅顽抗。

宋江率领大军将方腊团团围住，成了瓮中之鳖。武松在进洞激战中，奋起神威，猛扑上去，单臂擒住了方腊，从此威名远扬。

方杰和方金芝带着小公子方亳和小公主正在逃难，正好遇到逃出来的方七佛和人称“小养由基”的庞万春之弟庞万秋，这才得知方腊和妻子邵仙英已经被俘，正在押往京城。

方杰、方金芝、方亳痛不欲生，心急如焚，发誓要去救回方腊。

方七佛颇为冷静，急忙劝解：“大家不要冲动，我们势单力薄，现在去了就等于送死。我们死了不要紧，那圣公的子女怎么办？谁来保护他们啊？”

庞万秋紧接说：“是啊，我们现在的首要任务，就是赶紧找个地方安顿下来，将圣公的子女抚养成人，重建明教，再报仇雪恨，而不是现在白白去送死，毫无价值。”

方杰和方金芝逐渐冷静下来，感到言之有理，他们在万般无奈之下，只好强忍心中悲痛，带领方七佛、庞万秋、方亳和小公主等人，远赴苗疆，以便躲避朝廷的追杀。

方腊和妻子邵仙英被押往京城，秋后便被朝廷处死。至此，方腊起义损兵折将，彻底失败。

方杰和方金芝率领大家，历经千辛万苦到达苗疆之后，向苗疆酋长做了大概说明，最后请求：“酋长，我们国破家亡，无处可去，希望您能收留我们，将不胜感激，终生难忘！”

酋长见方杰英雄神武，气宇轩昂，甚是喜欢。不仅答应了他的要求，而且还把女儿苗怡玮许配给方杰为妻，使方杰惊喜万分，感激不尽。

苗怡玮不仅年轻貌美，武功不凡，而且用毒如神，飞刀绝技，更是百发百中，江湖人称“蛇蝎美人”。

方杰雄心勃勃，开始重建明教。他打开方腊临别之时交给的小盒子，只见盒内装有一本明教圣经和一本明教武功秘籍——《大明十六式》。于是，方杰遵照圣公方腊的意愿，立小公子方亳为明教教主，立方腊之女为明教圣女，方杰和方金芝为左右天王，方七佛和庞万秋为左右护法。

方亳年少，无法主政，由方杰暂代教主之职，负责教中一切事务；方金芝负责小教主和小圣女的学习、生活及练武等工作；方七佛和庞万秋则返回大宋，重建明教各分舵。

明教，是从波斯传于中国，方腊据此创立了明教，自命教主。并以红巾为标志，迅速聚众数万，起兵造反，声势浩大，震惊天下。唉，可惜功败垂成。

方杰为了不引起朝廷的注意，决定将明教改为神龙教，以掩人耳目，从而躲避朝廷的追杀。